2-氯-3-氨-4-甲基吡嗪是一種關鍵的藥物中間體，主要用於奈韋拉平（一種用於治療愛滋病毒的抗逆轉錄病毒藥物）的合成。該雜環化合物的熔點為118-121°C（升）沸點為295.9±23.0°C（760毫米壓）。密度為1.26±0.1 g/厘米³，Ka為6.72±0.10，在極地有機溶劑中表現出良好的溶解性。材料應儲存在2-8°C的密封容器中，遮光和潮濕。安全預防措施包括由於潛在的皮膚/眼睛刺激而佩戴防護手套/護目鏡（GHS第2類）。其獨特的帶有氯和胺取代基的吡嗪結構使其對於構建複雜的藥物分子很有價值。
